A budai vár 1686-os visszafoglaló ostroma során gyakorlatilag megsemmisült a középkori királyi palota. A két szintes királyi várkápolna felső szintje teljesen eltűnt, az alsó része a beomló törmelékekkel töltődött fel. A barokk királyi palota építésekor a maradványok föld alá kerültek és csak az 1949-50-es ásatások során kerültek elő.
A budai királyi kápolnának az építési ideje bizonytalan. A budai vár déli palotájának kiépítése feltehetőleg 1346-54 között kezdődött. Kumorovitz L. Bernát kutatásai szerint I. Károly özvegye, Erzsébet királyné 1366. június 23-án V. Orbán pápához írt levele megemlíti a Szűz Mária tiszteletére építtetett várkápolnát. Ebben kérte a Szentatyát, hogy engedélyezzen búcsút a Lajos király és a királyné által a palotájukban lévő Szűz Mária kápolna látogatói számára. Ezek szerint a kápolnának már állnia kellett 1366-ban. Érszegi Géza viszont ezt az oklevelet Visegrád királyi kápolnájára értelmezte újabban megismert dokumentumok alapján. Egy bizonyos, amikor I. Lajos elajándékozta 1382-ben a Kammerhofot a benne található Szt. Márton házikápolnával, akkor már bizonyosan állnia kellett az új királyi kápolnának.
A kortárs Eberhard Windecke Kis Károly haláláról (1386. febr. 24.) szólva megemlíti, hogy a királyt Forgách Balázs egy olyan teremben támadta meg, ahonnan belátni a kápolnába.
Kotromanić Erzsébet özvegy királynét és Mária királynőt a Zsigmond ellen lázadó Horvátiak 1386. július 26-án elfogták és Zára közeli Novigrad várába zárták. Zsigmond 1387. ápr. 9-én, a királyi kápolnában, mise közben (in capella regia, dum missa celebraretur) közölte a velencei követtel, hogy két héttel pünkösd után (Horváti) János bán ellen indul, s kérte a Signoriát, küldjön hajóhadat a dalmát tengerre, nehogy az ellenség ezen az úton csempéssze ki a fogoly királynét. Horváti János Mária királynő szeme láttára fojttatta meg anyját.
A királyi kápolnát megemlíti Lorenzo de Monacis is az 1390-es években írt krónikájában. 1395-ben Zsigmond az esztergomi érseknek adományozta a a budai királyi kápolna comesének Pilis megyei Bajót birtokát. A királyi kápolna nem csak egyházi, hanem közjogi intézmény is volt - 1435-ig a magyar királyok saját hiteles helyeként is működött.
Zsigmond 1410-20 között nagyszabású építkezéseket végeztetett a budai várban, mely érintette a várkápolnát is. 1423-ban Zsigmond a kápolnában állíttatta ki a Visegrádon át Budára hozott német-római császári jelvényeket.
1451. márc. 7-én Hunyadi János kormányzó és az országtanács azt mondja a kirlyi kápolnáról, hogy fényes egyház és kápolna (insignis ecclesia sive capella). Zsigmond király alapította, halála miatt azonban kellően nem dotálta, ezért kérik a pápát: tekintettel arra, hogy Buda királyi székhely, emelje prépostsággá, csatolja hozzá az elenyészett dömösi monostor birtokait, állapítsa meg kanonokjainak a számát, s adományozza az ország alkancellárjának, Hazywazo-i (Bothos) Istvánnak.
Hunyadi Mátyás a régészeti kutatások szerint 1470-es években átépíttette a korábbi kápolnát (* lehetséges, hogy csak a berendezéseit). 1475-ben Mátyás király megkapta a szultántól alamizsnás Szent János ereklyéit, amelyeket itt helyeztetett el. Bonfini, Mátyás történetírója a kápolnát Zsigmondénak mondja, melyet Mátyás csak dedikált alamizsnás Szt. Jánosra, amikor a szultántól az ereklyéket megkapta. A kápolna rendkívül gazdag felszerelése nem Bonfini túlzása, bizonyítja az 1530. évi leltára is. A korabeli források alapján a kápolna melletti, délre lévő, rövid keleti, illetve délkeleti szárnyban volt Mátyás híres könyvtára. Bonfini megemlíti a kápolna keresztelőkútját és orgonáját is. Szerémi György (II. Lajos és Szapolyai János káplánja) azt írta később, hogy Mátyás király az I. Lajos (antiquus rex Lodouicus!) által alapított és Szűz Mária mennybeviteléről nevezett kápolnában Alamizsnás Szent János tumbáján elhelyezett oltáriszentség, kereszt, mise- és evangéliumoskönyv előtt eskette meg nagyjait arra, hogy természetes fiát, Corvin Jánost teszik meg királyukká.
Mátyás halála után II. Ulászló is építkezett a palotában, lehetséges, hogy a feltárások során megtalált boltozat elemeket már ő építtette a kápolnában (* ez bizonytalan).
A budai káptalan 1498. november 11-i jelentésében szerepel a budavári Szűz Máriáról nevezett királyi kápolna ("capella beate Marie virginis in castro Budensi") rectora, Pesti Ambrus mester.
A vesztes mohácsi csata után 1526 szeptemberében Szulejmán bevonult az üresen hagyott budai várba és kifosztotta azt. Dzselelzade Musztafa leírta a kápolnát: "Budun városának egyik részén, mely rendkívül magas, van a király palotája, mely égig ér. Ugyanitt volt egy templom, bálványokkal megtömve, falai pedig az alávaló gyaurok képeivel telve. Aranyos festmények, a magyar szultánok képei díszítették, csodálatos elrendezéssel..." Szerémi írta, hogy 1526-ban a törökök közeledtének hírére a királyi káplánok menekítették Pozsonyba Alamizsnás Szt. János ereklyéjét (máig ott van). Szapolyai János a budai várat megerősítő építkezései során a kápolna alsó szintjét bástyává alakíttatta át, felfalaztatva a gótikus mérműves abklakokat.
Budát 1541. augusztus 29-én csellel elfoglalta Szulejmán. A királyi kápolnát az első budai pasa Szeráj mecsetté alakította át.
Az 1944-1945. évi háborús események során a budai várat szétlőtték. A palota romjainak eltakarítása során a régészek megtalálták a királyi kápolna alsó szintjének jelentős maradványait. Félnyolcszöggel záródó szentélyfalaiban megmaradtak az ablakok eredeti mérműves kőrácsai, a ferde ablakbélésekkel és ezek mélyén vésett hornyaival, melyek a belvárosi templomszentély hasonló kiképzésű ablakaira emlékeztetnek. A kápolnában épen maradtak meg az összes boltozatbordák vállai és indításai, a diadalív, és számtalan bordatöredék, valamint a boltozatok zárókövei. A feltárt részek alapján kellő hitelességgel vissza lehetett állítani a kápolna alsó termét, a felső szinthez nem volt elég ismeret.
A várkápolnát Szent István tiszteletére újra szentelték 1990-ben.
Források: Gerő László: A budai középkori királyi palota és vár maradványainak helyreállítása (1970); Kumorovitz L. Bernát: A budai várkápolna és a Szent Zsigmond-prépostság történetéhez (1963); Érszegi Géza: A Nagy Lajos-kori királyi kápolna kérdéséhez. (Castrum Bene 2/1990.); Magyar Károly: Buda és Prága: Két Királyi-Királynéi rezidencia a középkor végén(Castrum Bene 11/2010); Zolnay László: A XIII—XIV. századi budavári királyi szálláshely (Művészettörténeti értesítő, 1952); Balogh Jolán : A budai királyi várpalota rekonstrukciója (Művészettörténeti értesítő, 1952); Buzás Gergely: A budai királyi palota Mátyás kori építkezéseinek rekonstrukciós problémái;
A rekonstrukciós rajzokat a Pazirik Kft. bocsátotta rendelkezésünkre.
Budavári palota, Budapesti Történeti Múzeum
Szélesség: N - 47°29'44.3"
Hosszúság: E - 19°02'26.8"