Pulkava (IV. Károly udvari történetírója) 1374 körül írt krónikája szerint Nagyszombatot III. Béla király leánya Konstancia, I. Ottokár cseh király neje alapította ("Item construxit [Constantia] in Ungaria civitatem Trnaw, quae in vulgari Ungarico Sambach [Szombat] Constantiae nuncupatur"). Ami biztos, hogy Nagyszombat első említései János esztergomi érsek és III. Ince pápa 1211-ben kiadott okleveiből ismertek Szombat alakban ("Ecclesiam de Sumbat", "Ecclesiam Sancti Nicolaj de Scembot"). A város legkorábbi része a keleti oldalon emelkedő magaslaton, a Szent Miklós templom körül jött létre.
IV. Béla 1238-ban Nagyszombatot szabad királyi város rangra emelte. Az oklevél szövegében Szombathely néven szerepel: "Cum igitur in Comitatu Posoniensi locus, qui Zombathely dicitur". Ivan Stanik szerint ekkor épülhettek a város első erődítései, melyeket 1258-ban említ először oklevél.
1270-ben IV. Béla halála után a volt király hívei Anna hercegnővel együtt II. Ottokárhoz menekültek, tartván V. István bosszújától. 1270-ben kitört a háború a két király között. 1271-ben II. Ottokár április 10-e körül betört az országba, és elfoglalta Dévényt, Stomfát, Pozsonyt, ahol a várost fel is gyújtotta. Innen észak felé fordult és sorban vette be Bazint, Szentgyörgyöt, Vöröskőt és Nagyszombatot is. Júliusban V. István és II. Ottokár békét kötöttek és az elfoglalt várak/városok visszakerültek. 1273-ban ismét kitört a háború, a cseh király augusztusban ismét elfoglalta Nagyszombatot, amit a magyar seregek októberben visszavettek. IV. László későbbi oklevelei szerint az ostrom során Tétény nembéli Pekri Péter két fogát elvesztette, Pok nembéli Móric fia Miklós comes a csehek elleni nagyszombati csatában tanúsított hősiességéért Hegymagast kapta.
1291 nyarán III. András fegyveresen vette vissza az osztrákoktól az ország megszállt részeit. "Vörös" Ábrahám Nagyszombatnál egy kisebb osztrák sereget megvert, a zászlóikat a királynak küldte diadalmi jelként. Ez után Csák Máté Pozsonyt ostromló seregének segítségére sietett, ahol súlyosan megsebesült.
A 13. századi városi erődítések azonosított elemei az öt emeletes négyzet alaprajzú zárt tornyok voltak, amiből valószínűleg 21 épült meg a században. A tornyok távolsága egymástól a nyugati falszakasz kivételével átlagosan 60 méter, a nyugati falon viszont duplája, 120-130 méter. A 800 x 700 méteres, 62 hektáros védett terület sarkait is tornyok védték. A tornyokat a század második feléig paliszád falak kötötték össze. 1270 körül kezdődött meg a palánkfalak lecserélése tégla falakra. A városnak már ekkor négy kapuja volt.
Az Árpád-ház kihalása után Nagyszombat Csák Máté uralma alá került, és csak halála (1321) után indul meg jobban a város fejlődése I. Károly uralma alatt. 1325-ben egy tűzvész elpusztította a város nagy részét, talán ez, és a lélekszám növekedése is hozzájárulhatott ahhoz, hogy a korábbi Szent Miklós templom helyén 1380-ban egy új, gótikus templom építésébe kezdjenek. 1382. szeptember 10-én, 56 éves korában itt halt meg I. (Nagy) Lajos király.
A 14. századi építkezések során a falakat hátrafelé nyitott tornyokkal erősítették meg, a korábbi tornyok közötti távolságok felénél.
1402-ben Zsigmond király árumegállító jogot és az egész országban szabad kereskedelmi jogot adományozott a városnak.
1428. januárjában a betörő husziták megverték Stibor vajda seregét és elfoglalták Szakolcát. Innen az egyik oszlopuk Pozsony felé vonultában Modort, Bazint, Szentgyörgyöt felgyújtotta, a másik oszlopuk Nagyszombat felé indult el. Pozsony külvárosait feldúlták, de a várat és várost nem tudták bevenni. Innen Nagyszombat felé vonultak el, de a várost nem támadták meg, csak elvonultak mellette.
1430-ban Stibor vajda és Maróti János megtámadták a Nagyszombat környékén szekértáborba zárkózott huszitákat. A magyar sereg a kordinálatlan támadás miatt vereséget szenvedett, de elesett a csehek vezére is, mire azok kimenekültek az országból. 1431-ben ismét husziták pusztítottak a város környékén.
1432. júniusában a husziták csellel elfoglalták Nagyszombatot, ahol éppen vásárt tartottak. A várost megszállták és Borotini Blaskó lett a parancsnok ("Blazko de Borotvn civitatis Tyrnawiensis assessor"). Szeptemberben a Borbála királyné által hadba hívott nemeseknek nem sikerült kiszorítani Blaskót Nagyszombatból. A városi polgárok közül sokan elhagyták a várost és Kismartonban telepedtek le. 1434. augusztus 8-án Blaskó 8 napos fegyverszünetet kötött a pozsonyiakkal. A husziták csak 1435-ben vonultak ki a városból. 1435. március 18-án Zsigmond király Pozsonyból utasította Szentgyörgy, Vöröskö, Galgóc, Modor, Terling, Csókafalva és Sempte lakosait, hogy a nagyszombatiakat ne háborgassák határaikban levő szőlejük művelésében. A város lakossága a husziták uralma alatt annyira megcsappant, hogy 1436-ban a király utasította az adószedőket, hogy ne terheljék adókkal azokat, akik Nagyszombatba akarnak költözni.
Zsigmond király a husziták kivonulása után az 1435. évi 2.tc-ben előírta Nagyszombat királyi költségen való megerősítését, és a védelemhez elegendő katonával, fegyverrel és élelmiszerrel való ellátását.
1440-ben Nagyszombaton Erzsébet özvegy királyné párti német-cseh csapatok voltak, de 1441-re sikerült kiszorítania őket az I. Ulászló-párti hadaknak. A Pozsony várát ostromló Erzsébet-párti csapatok ellen I. Ulászló megpróbálta felmenteni a várat, de Giskra utasítására a nyitrai kapitány hátba támadta a királyt, mire az Nagyszombat falai közé vonult vissza.
Az 1450-es években a Felső-Magyarországot pusztító huszita Axamit ellen hadakozó Hunyadi László és Hunyadi János is megfordult Nagyszombatban.
1465-ben a cseh zsoldosvezér Svehla kb. 7000 huszita rablóval elfoglalta Kosztolányt, majd Nagyszombatot támadták meg. A városi polgárság Podmaniczky Balázs segítségével megvédte a várost. 1466. év végén Mátyás király Nagyszombatból indítja meg seregét Svehla ellen. 1467. januárjában a király több levelet kelteztet Nagyszombatból.
1492-ben Nagyszombat város királyi adója négyszáz forintot tett ki. 1494-ben egy állítólagos keresztény gyermekgyilkosság következtében 14 zsidót égettek meg a városban.
1526 után Nagyszombat még sok üres házhellyel rendelkezett, ezért a következő évtizedekben megnőtt a török elől menekülő magyar nyelvű lakosság a városban.
1532-ben I. Ferdinánd spanyol zsoldosai kirabolták Rózsavölgyet, a város négy jobbágyfalvának egyikét. I. Ferdinánd 1535 októberére hívta Nagyszombatba rendeket, de az országgyűlés végül Pozsonyban gyűlt össze.
Oláh Miklós 1536-ban Hungária c. művében leírta Nagyszombatot: "...Nagyszombat, fekvése kevésbé, erődítményei jobban védik. Falai alatt az azonos nevű kis folyó [Tirnavia] hatalmas halastavat alkot, majd ebből ismét tovafolyva Vízkelet közelében vegyül a Dunába. A várost magyarok, németek, csehek lakják, árukban és közszükségleti cikkekben bővelkedik.".
A török veszély fokozódása miatt az esztergomi káptalan 1540-ben Nagyszombatra költözött, majd Esztergom 1543-as elvesztése után az esztergomi érsek is. A korabeli harmincadjegyzékekből kiderül, hogy Nagyszombat 1541 után az ország egyik gazdasági centrumává lépett elő, majd egyházi centumává is, úgy is hívták, hogy "kis Róma". 1545 februárjában és decemberében is itt tartották az országgyűlést. A város növekedésével a vagyonos réteg is megerősödött, 1529 és az 1590-es évek között megduplázódott az adófizetők száma.
1552-ben az Erdélyben dicstelenül leszerepelt Aldana spanyol vezér visszatérő emberei fosztogattak a környéken.
Jelentős építkezések is zajlottak a 16. század közepén: 1544-ben épült az új városháza, a város falait megerősítették az olasz hadmérnök Pietro Ferrabosco által 1553–1556 között, majd 1574-ben elkészült a ma is álló Várostorony, komoly, 4690 forintos költséggel. A város védműveit is karbantartották: 1541 előtt a Felső-kapu és a barbakán javítását végezték el, magasítottak a falakon, a négy saroktornyot kijavították és a falak előtti árkokat kitisztították, mélyítették.
1562-ben pestis pusztított a városban, ami a polgárság egyharmadát elvitte. 1566-ban 150 ház égett porig egy tűzvészben. 1586-ban földrengés és pestis is sújtotta a várost.
A protestantizmus előretörésével Nagyszombaton a magyar nyelvű lakosság inkább Kálvin tanításait követte, míg a míg a németek és szlovákok a lutheránus tanítást. 1560-as évek közepén egyszerre több protestáns prédikátor is működött a városban, pl. Huszár Gál, Huszár Dávid is. Ez számos összeütközést eredményezett az esztergomi érsekekkel.
1605-ben Bocskai hadvezére, Rhédey Ferenc Basta visszavonuló csapatait üldözve május 3-án bevonult a kapuit megnyitó Galgócba. Rhédey innen szólította fel csatlakozásra a hadműveleti szempontból jelentős fontosságú Nagyszombatot. A város, amely néhány nappal ezelőtt nem engedte be a városba a visszavonuló császáriakat, május 5-én önként nyitotta meg kapuit Rhédey hajdúinak. Nagyszombat lett a szabadságharc előretolt hadműveleti bázisa, Bucsy Benedek 6000 főnyi haddal innen indult el Pozsony, és útközben Szempcet, Bazint, Szt. Györgyöt és Cseklészt elfoglalta.
1615. május 6-án itt kötötte meg II. Mátyás magyar király és Bethlen Gábor erdélyi fejedelem az u.n. nagyszombati szerződést.
1619-ben Bethlen Gábor első hadjáratában szeptember 20-án bevonult a már elfoglalt Kassára, majd ő maga a főhaddal a Kassa–Lőcse–Késmárk útvonalon Nagyszombatra tartott, míg Rhédeyt egy kisebb sereggel a török határ melletti várak elfoglalására küldte Fülek és Érsekújvár irányába. Rhédey október 4-én már Negyszombatban volt és védlevelet állított ki a város számára, a fejedelem október 9-én érkezett oda. Bethlen 10.000 főre egészítette ki Rhédey hadtestét és Morvaország felé küldte, míg ő maga egy meglepetésszerű támadással bevette Pozsonyt és a város falai alatt gyülekező császári csapatokat megsemmisítette.
1619 novemberberében Bethlen Gábor akadémiát alapitott Nagyszombatban és 24 hallgató számára ösztöndíjat biztosított.
1620. szeptemberében Nagyszombatnál volt az erélyi és magyarországi hadak gyülekezőhelye. 1620. november 8-án a császári sereg döntő vereséget mért a cseh hadra a fehérhegyi csatában, így a felszabaduló erőforrásokat II. Ferdinánd Bethlen ellen tudta fordítani. A hírre Bethlen a főhadiszállását Pozsonyból Nagyszombatra helyezte át, magával vitte a Szent Koronát, amit innen Zólyomra küldött.
1621. január 1-re Bethlen Gábor országgyűlést hirdetett Nagyszombatba. Április 29-én a császári sereg elfoglalta Pozsony városát, majd május 6-án a vár is megadta magát. Erre Szentgyörgy, Modor és Nagyszombat is meghódolt a császári csapatoknak. Május 25-én Nyitra, május 27-én Kőszeg is II. Ferdinánd kezére került. Május végén a Bucquoy vezette császári sereg megkezdi Érsekújvár ostromát, de Bethlen lovassága 1621 júliusában sikeresen mérkőzött meg Bucquoy csapataival Érsekújvárnál, maga a tábornok is elesett. Balogh Ferenc július 26-án Semptéről felszólította Nagyszombat város tanácsát, hogy a város "utolsó veszedelmének" elkerülése végett nyissanak kaput a város alá mintegy háromezer lovassal érkező Bornemissza János főkapitány előtt. A főkapitány "martalékot” küldött a város falaihoz, akiket megtámadtak a császári védők, mintegy ötszáz lovas és kétszáz gyalogos vett részt a kitörésben. Ezeket a "martalék” menekülést színlelve a derékhad csapdájához csalta. A kialakuló harcban a kitörők megsemmisítő vereséget szenvedtek. Másnap Bethlen Szerdahelyről szólította fel Nagyszombat tanácsát a hódolásra, 28-án már a város alatt táborozott és lövetni kezdte a falakat. Erre a városiak tárgyalásokba kezdtek és a német őrség szabad elvonulása után a várost Thurzó Imre vette át július 30-án. Az erdélyi sereg augusztus 18-án Pozsony ostromát is megkezdi. December 31-én Bethlen és II. Ferdinánd megköti a nikolsburgi békét, melynek értelmében Bethlen megtarhatja élete végéig Szatmár, Szabolcs, Ugocsa, Bereg, Zemplén, Borsod és Abaúj megyéket, de a többi területeket ki kellett ürítenie, így Nagyszombat is királyi fennhatóság alá került.
1622-ben ismét kitör a háború, október 17-én Bethlen hadvezérének, Horváth Istvánnak a lovassága zaklatta, majd Bethlen a fősereggel megverte és megadásra bírta a Nagyszombat védelmére küldött Wangler alezredes ezerkétszáz emberét. A város még aznap meghódolt az erdélyi fejedelemnek. Bethlen nagyszombati táborába megérkezett Ibrahim szerdár is a török segélycsapatokkal, ahol egyesült a két sereg. Bethlen november 19-re országgysűlést hívott össze Nagyszombatba. Megkezdődtek a hossza béketárgyalások is, melyek az 1624. május 8-án megkötött bécsi békével zárultak.
A 17. század első harmadában Nagyszombatot is elérte az ellenreformáció. Pázmány Péter (1570-1637) esztergomi érsek 1635-ben megalapította a Nagyszombati Egyetemet, 1637. augusztus 30-án felszentelték a jezsuiták és Pázmány kérésére Esterházy Miklós által felépíttetett Keresztelő Szent János székesegyházat.
1644-ben a harmincéves háború ismét elérte Nagyszombatot, I. Rákóczi György erdélyi fejedelem szövetkezve a svédekkel rövid időre elfoglalta a várost, ekkor egyesült Robert Douglas svéd tábornok lovasaival az erdélyi sereg. A császári ellentámadást Götz tábornagy 1644 májusában indította meg, az erélyi sereg lassan vonult vissza kelet felé. Megindultak a béketárgyalások III. Ferdinándal, melyeknek a helyszíne Nagyszombat volt. Végül 1645. december 16-án megkötötték a linzi békét.
1666-ban tűzvész pusztított a városban, 1679-ben pestis.
1683-ban a Nagyszombat meghódolt Thökölynek, aki oltalom levelet bocsátott ki. A város július 18-án ünnepélyesen fogadta a háromszáz lovas élén bevonuló Géczy Zsigmondot, ki átvette a polgárság hűségesküjét. Augusztus elsején Thököly megbízottjai a fejedelem nevében 3000 forint sarcot követeltek ki a várostól. Thököly parancsára elűzték a jezsuitákat, a templomokat elvették a katolikusoktól, a városi tanácsban csak protenstánsokat tűrtek meg. Augusztus 7-én Thökölyt ünnepélyesen fogadta a városi tanács. Másnap tűz ütött ki a város melletti csűrökben és a lángok a városra is átterjedtek. 1500-nál többen haltak meg a katasztrófában. Augusztus 25-dikén Semsey Pál katonái ellepték a várost és fosztogatni kezdtek, aminek Thököly másik tisztje, Petneházy vetett véget.
A Rákóczi-szabadságharc kitörése után már 1703. év végén kuruc csapatok szállták meg Nagyszombatot, amikor a városi tanács december 4-én meghódolási szándékát tudatta Bercsényi Miklóssal. Bercsényi kuruc helyőrséget helyez a városba Dúló Ádám parancsnoksága alatt.
1704 december végén Siegbert Heister Pozsonyból megindult észak fel, hogy felmentse az ostromlott Lipótvárat. A kurucok visszahúzódtak előle, kiürítették Szentgyörgyöt, mire a város kitűzte a fehér zászlót. Heister csapatai 23-án bevonultak a szintén kiürített Bazinba is, ahol kirabolták a várost. 24-én reggel már Modorban voltak, ahol 2000 akó bort fogyasztottak el a dorbézoló császári zsoldosok. Rákóczi De La Motte ezredest hagyta Lipótvár zárolására, Farkashidára vonult a csapataival ahol egyesült Bercsényi seregével. December 25-én Heister elindul Nagyszombat felé. Mivel a kuruc had nagyrésze lovasságból állt, a kuruc haditerv az volt, hogy Nagyszombatra támaszkodva nagy nyílt területen ütköznek meg Heisterrel. Rákóczi emlékirataiban ezt írta: "Bensőmben némileg irtóztam csatába vezetni e rosszul fegyverzett hadsereget: de más menekvés nem volt, mert ha abbanhagyom valaha Leopoldvár ostromát, ezen országrészt egészen lehangolom; az ellenség pedig nyomni kezdett volna, s a hátrálásban (kedvét vesztve) hihetőleg feloszlott volna egész seregem. Beleegyeztem tehát, s elkezdtem saját tervem szerint csatarendbe állítani ezredeimet: de nagy munkámba került ezt, mielőtt besötétedett volna, végrehajtanom.". December 26-án a kuruc had a fegyelmezetlenségük és egy német egység árulása miatt vereséget szenvedett, a csata közben a városból kirohanó őrség kapitánya, Dúló Ádám is elesett. Heister a csata után bevonult a városba s az egyetemi épületben a jezsuitáknál száll meg. Katonái lemészárolták a városban talált kuruc sebesülteket.
1705 márciusában az erőre kapó kurucok elől Heister visszavonult és kiürítette Nagyszombatot, ahová március 13-án bevonultak Bercsényi csapatai.
1706. április 14-én a harcoló felek fegyverszünetet kötöttek és Nagyszombaton megindultak a béketárgyalások, amelyek végül sikertelenek voltak és július 24-én véget ért a tűzszünet. Novemberben Ocskay László egyik levelében arról ír, hogy Starhemberg Guido csapatai Nagyszombatot kirabolták.
1707-ben Starhemberg a Vágig szorította vissza a kurucokat, júniusban a kiürített Nagyszombaton 400 főnyi császári őrséget hagyott, utána elfoglalta Semptét és a szeredi sáncokat. Júliusban elfoglalta Deterekő, Jókő és Szomolány várait, augusztusban Berencset. Amikor Starhemberg Bottyán dunántúli sikerei és ausztriai betörései miatt kénytelen volt visszavonulni a Dunántúlra, Csáky Mihály a Nagyszombatnál hagyott 3000 gyalog és 1000 lovasból álló császári hadtestet támadta, Esterházy Antal ezt kihasználva ágyúkkal indult meg Csáky megsegítésére és Nagyszombat visszafoglalására. Erre Starhemberg visszafordult Kapuvárról és felmentette Szeredet és Nagyszombatot. Ezután megerősítette a Vág vonalát, a fehérhegységi várakban erős őrséget hagyott.
1708. május 29-én Heister kivonta Nagyszombatból, Modorból, Bazinból, Szentgyörgyből, Galántáról és Diószegről a császári őrségeket a Csallóköz védelmére, csak Trencsénben, Vágújhelyen, Lipótváron, Szereden (Sempte), Sellyén és a gutai vizenyős földvárban (Békavár) hagyott helyőrségeket. Bottyán János Június közepén hidat veretett a Vágon és "Pozsonyig a földet elfoglalta". Nagyszombat is meghódolt Bottyánnak. A vesztes trencséni csata után (1708. 08. 03.) Nagyszombatot ismét megszállták a császáriak. 1708. október 21-én Bottyán János Érsekújvárból jelentette Rákóczinak, hogy Nagyszombaton 200 német van. A háborús pusztításokon kívül 1708-ban pestisjárvány is sújtotta a várost.
A vesztes romhányi csata után 1710. január végén Béri Balogh Ádám egy rövid időre rohammal elfoglalta Nagyszombatot, Modort, Szentgyörgyöt és Bazint.
1809-ben Napóleon csapatai szállták meg egy rövid időre a várost.
Nagyszombat városfalainak egy részét 1820–1840 között bontották le. Ezek főleg a kaputornyokat és a kapuk elővédműveit érintették. Szerencsére a városfalak nagy része máig megmaradt.
1848-ban ismét harcok helyszíne volt a város. Simunich altábornagy osztrák serege november 1-én bevonult az üresen hagyott Nagyszombatba. November 3-án Guyon Richárd hírét vette, hogy az osztrák danadár elhagyta a várost Nádasd felé. December elején Simunich üldözőbe vette a Nagyszombat felé visszavonuló, Ordódy Kálmán irányította honvéd csapatokat (5-6.000 fő gyalogság, 300 fő Hunyadi lovasság és 8 ágyú7). Simunich előrenyomulása veszélyeztette a Pozsonynál lévő Görgey-hadtest jobbszárnyát, ezért Guyon ezredes parancsot kapott, hogy dandárával Nagyszombat felé előretörve egyesüljön Ordódy Pál csapataival, és együtt állítsák meg Simunichot. Ordódy azonban Lipótvárra vonult vissza, így Guyon december 16-án egyedül találta szembe magát a túlerőben lévő osztrákokkal. Simunich tábornok délután 4 és 5 óra között érte el Nagyszombatot és északról a városba ágyúztatott. Guyon rövid harc után vereséget szenvedett és csak a gyors kitörése Szered felé mentette meg a dandárát a teljes megsemmisüléstől. 798 katonát, köztük 8 tisztet ejtettek foglyul a császáriak, valamint 2 fogatolt és 3 fogatolatlan löveget zsákmányoltak.
Nagyszombat városfalait napjainkra rendbehozták, az eredeti valószínűleg 42 toronyból 25 még ma is áll.
Források: Fejér, Georgius: Codex diplomaticus Hungariae ecclesiasticus ac civilis. Tomi IV. Vol. 1. (Budae, 1829.) Wenzel Gusztáv: Árpádkori új okmánytár. Codex diplomaticus Arpadianus continuatus. I. 1001-1235. (Pest, 1860.); Wenzel Gusztáv: Árpádkori új okmánytár. Codex diplomaticus Arpadianus continuatus. VI. 890–1235. (Pest, 1867.); Wertner Mór: Az Árpádkori bánok (Századok, 1909); Bánlaky József: A magyar nemzet hadtörténelme; Karczag Ákos – Szabó Tibor: Felvidék és Kárpátalja erődített helyei – Várak, castellumok, erődített kastélyok, városfalak, templomvárak, barlangvárak, sáncok és erődök a 10. századtól a 19. század végéig, Budapest, Nemzetstratégiai Kutatóintézet, 2018, II. kötet; Lukinich Imre: Podmaniczky család oklevéltára. I. (Budapest, 1937.); Angyal Dávid: Késmérki Thököly Imre; Dr. Tóth-Szabó Pál: A cseh-huszita mozgalmak és uralom története Magyarországon (1917); Nagy László: A Bocskai szabadságharc 1605. évi hadjárata; Bakonyi Zsuzsanna: Magyar nyelvű írásbeliség a 16. századi Nagyszombatban (doktori értekezés); Oláh Miklós: Hungária (1536); Granasztói György: Nagyszombat, 1579–1711; Nagy László: Bethlen Gábor a független Magyarországért; Czigány István: I. Rákóczi György erdélyi fejedelem királyellenes hadjárata a harmincéves háborúban (1644−1645); Thaly Kálmán: Ocskay László II. Rákóczi Ferencz fejedelem brigadérosa és a Felső-magyarországi hadjáratok 1703—1710. I-II.; Zachar Péter Krisztián: Bécs versus Buda-Pest. Az 1848 őszi nyílt dinasztikus ellenforradalmi fordulat politikai-katonai háttere (október 4. – december 16.);
Nagyszombat városfalainak nagyrésze máig fennmaradt.
Szélesség: N - 48°22'36.0"
Hosszúság: E - 17°34'59.3"