Keresztelő Szent János székesegyház

Nagyszombat városa a 17. század elején vallási harcok színhelye volt. 1615-ben Forgách Ferenc esztergomi érsek visszahívta a városba a jezsuitákat, és a domonkosok egykori kolostorát és Szt. János templomát adta nekik. Mind a kolostor, mind a templom romos volt, a templomhajóban teljesen beszakadt a boltozat. A jezsuiták a kolostor épületeit 1616 augusztusára lakhatóvá tették, és az új esztergomi érsek, Pázmány Péter 1616. augusztus 1-én kollégiumot nyitott benne, melynek diáksága 1617-re már elérte a 600 főt. 1619-re a romos templom szentélye mellett, a déli oldalhoz tapadva felépült a Sarlós Boldogasszony-kápolna, amelyet a jezsuitákkal szoros kapcsolatban álló főúr, Esterházy Miklós első felesége, Dersffy Orsolya, illetve az Esterházy-családtagok temetkezési helyéül szántak. 1619-bent Bethlen Gábor hadjárata miatt a jezsuiták menekülni kényszerültek, és csak 1622-ban tértek vissza. Pázmány és a jezsuiták felkérték Esterházy Miklós nádort, hogy építsen templomot Nagyszombaton, a romos Keresztelő Szent János templom helyén, amit a jezsuiták 1629. májusára lebonttattak a Mária kápolnával együtt. Esterházy nádor Pietro Antonio ("cum Magistro Antonio in aedificio templi Sancti Joannis Tyrnaviae Patrum Societatis Jesu") és Pietro Giovanni Spazzo építészeket bízta meg a tervezéssel és az építés irányításával (Spazzót I. Lipót 1662-ben nemesi rangra is emelte). Spazzo portréja a templom sekrestyéjében máig is látható „PETRUS SPAZ. BASILICAE S. JOAN. BAPT. AEDIFICATOR. AETATIS SUE 30 1637." felirattal.

A magyarországi barokk építészet kezdetét a kutatók az 1630-as évekre teszik, de ez csak a Bécshez közeli, nyugati országrészre igaz. A felépítendő kora barokk stílusú új templom előképe és mintája a II. Ferdinánd által építtetett bécsi jezsuita templom volt.

1629. március 13-án Esterházy Miklós nádor szerződést kötött két kismartoni kőművessel, hogy a nagyszombati templomhoz köveket faragjanak, majd 1930. július 15-én egy bécsi kőfaragóval az összes nagyszombati munkákra.

A munkálatok lassan haladtak, a Társaság részéről Dobronoki György 1635 és 1637 között mint „praefectus fabricae” elsődlegesen az építés felügyeletével volt megbízva. 1636. január 30-án Dobronoki, Pázmány és Esterházy döntöttek a leendő épületek egymáshoz viszonyított elhelyezkedéséről: a kollégiumot – a templom északi oldalán rendelkezésre álló területen belül – keleten, az iskola, illetve az akadémia különálló tömbjét pedig ugyanitt nyugaton kívánták elhelyezni.

A templom felszentelését Pázmány Péter már nem érte meg. 1637. augusztus 30-án Lippay György egri érsek szentelte fel Keresztelő Szent János tiszteletére, az első misét az esztergomi érsek, Lósy Imre celebrálta, majd este az Esterházy család hét tagját temették újra ünnepélyes keretek között (egyelőre a déli sekrestye alatt). Az elkészült templom hossza 61 méter, szélessége 28,1 méter, belső magassága 20,3 méter lett.

1637. szeptember 3-án kapott megbízást 4500 forintért Veit Stadler és Balthasar Knilling az oltár, a tabernákulum és a szószék elkészítésére. A szószék még ebben az évben elkészült, a 20,3 m magas, 14,8 m széles és 42 szoborral díszített aranyozott fa főoltár 1640-re. A mellékkápolnák stukkóit G. B. Rosso és Jacopo Tornini készítette, a festést pedig Christian Kner. A festési munkálatokat Knoth Lőrinc bécsi festő végezte el 5500 aranyért.

A templomban a munkálatok megszakadtak egy időre I. Rákóczi György felvidéki hadjáratai miatt. Esterházy Miklóst 1645. december 11-én Telegdi János kalocsai érsek celebrálásával temették el a templom kriptájába. A templom építése a nádor halála után is folytatódott, Esterházy Dániel és Farkas 1648. július 13-án megbízzák Potz Péter kőfaragómestert, hogy az egyetemi templom három kapuját készítse el, de nem térhet el az eredeti tervektől.

1663-65 között ismét álltak a munkák a török háború miatt. A templom díszítésének újabb szakasza Esterházy Pál nádorhoz köthető, ő 1699. június 19-én ad megbízást Pietro Antonio Continak a hajóboltozat stukkódekorációjának elkészítésére és kifestésére. A mennyezeti freskókat Karl Ritsch és Franz Joseph Grafenstein készítette, és 1700. szeptemberére készültek el vele. Sennyey László rektor a templombelső díszítése után elkezdi építtetni a templomhoz csatlakozó északi és keleti szárnyakat, ahová könyvtárat tervezett.

1773-ban II. József rendeletileg feloszlatta a jezsuita rended, 1777-ben az egyetem is elköltözött Budára. 1783-ban a katonaság költözött az egyetem épületébe, a templomot is invalidus templomként használták. 1809-ben Napóleon csapatai szállták meg Nagyszombatot, akik a templom belsőt istállóként használták és megrongálták. A freskókat lemeszelték, de ennek köszönhetően maradtak meg az utókornak.

Valószínűleg már a 18. század első felében megtörtént a templomtetők javítása , melynek során eltávolították a szentélytornyot (* más források a 19. század első felére teszik), amelyet csak az 1990-es évek rekonstrukciója során helyeztek vissza a tetőre. A 19. százazd második felében néhány freskót javítottak. 1942-ben megkezdődött a templomdíszítés általános konzerválása Dr. Wagner Vladimír vezetésével. 1958-1963-ban a mellékkápolnákat részben, 1970-1972-ben a főoltárt is restaurálták. 1977-től a Nagyszombati Érsekség székesegyháza lett.