A 9. században Nyitra térségében 5 nagy kiterjedésű erődített település volt. A 870-ben íródott Conversio Bagoariorum et Carantanorum (A bajorok és karantánok megtérése) szerint itt valahol "egyszer Adalram érsek a Dunán túl (ultra Danubium) fekvő birtokán, egy Nitrava nevű helyen templomot szentelt fel". Ezt a mondatot utólag szúrták be a szövegbe. Főleg a szláv történészek szerint innen űzte el Moimar morva fejedelem Priwinát ("quidam Priwina exulatus a Moimaro duce Maravorum supra Danubium venit ad Ratbodum"), aki a frankoknál keresett menedéket. Viszont a szövegben nincs megadva a hely ahonnan elűzték, ráadásul meg is kellett keresztelni, ami ellentmond a templom alapításának (a várhegy temploma bizonyosan Árpád-kori). Az eddigi régészeti adatok alapján nemcsak a korai templom jelenléte, de egyelőre az is kétséges, hogy a Várhegyet a 9. században erődítették meg egy palánkfallal; biztosan mindössze néhány szerény, pogány rítusú, edénymellékletes sír jelzi a Karoling időszakot. Tehát nem igazolható a Conversio által említett Nitrava megfeleltetése a mai Nyitrával. Mindenesetre Priwina hűbérül (nem önálló fejedelemségnek) megkapta a Zala folyó környékét és felépítette Mosaburgot, a mai Zalavárt. Összegezve: Bóna István és Szőke Béla Miklós is cáfolja a régészeti és történeti adatok alapján, hogy a nyitrai várhegyen egy nagymorva templom és palánkvár lett volna. A palánkvár csak Árpád-házi hercegekhez, a dukátushoz köthető.
Anonymus Gestájában olvasható, hogy Zobor volt Nyitra ura a honfoglaláskor. Szovárd, Kadocsa és Huba nehéz csatában győzte le Zobor csapatait, akik bemenekültek Nyitra városába. A magyar sereg ostrommal betört a városba és az elfogott Zobort felakasztották. Róla nevezték el a Nyitra felé magasodó hegyet.
A honfoglalás után Nyitra környéke a fejedelmi törzs szállásterülete lett. A 10-11. században fordulóján épült fel az az 5 méter széles, kazettás szerkeztü fa-földvár, ami a mostani várhegyet és a mai belvárost vette körbe (szerkezete megegyezik a korszak ispáni várainak szerkezetével). Ennek első ismert ispánja Bökény (Buquen comes) volt. Itt őrizték és vakították meg Szt. István unokatestvérét, Vazult herceget 1031-ben. Szt. István építteti fel az első templomot a várhegyen, Szt. Emmeramnak (Imre) szentelve.
1042-ben az Orseoló Pétert Aba Sámuel ellenében segítő III. Henrik német császár és I. Brestislav cseh herceg csapatai felégették a várat. A várat Orseoló Péter 1044-ben újjáépíttette, amit egy a sáncból előkerült 1044-es ezüst dénár bizonyít. Ez az új sáncvár 20 méter széles, rekeszes-kazettás szerkezettel bírt.
1048 körül Vazul fia, I. András megosztozott öccsével Béla herceggel a hatalmon, kialakítva a dukátus rendszerét. Ennek egyik központja Nyitra volt, a másik Bihar.
Salamon király idejében Géza herceg, majd I. Géza uralkodása alatt Lászó herceg volt Nyitra ura. Amikor László lett a király, akkor I. Géza kisebbik fiát, Álmos herceget nevezte ki nyitrai dukátus urává.
1074-ben a Salamon királyt segítő német sereg nem tudta bevenni Nyitrát. A mogyoródi csatában Géza herceg seregének jobb szárnyát a csehek és morvák képezték Ottó morva herceg alatt, középen Géza herceg állt a nyitrai dandár élén, a bal szárnyon László herceg a bihariakkal. A csata Salamon vereségével zárult és Géza trónra lépett.
1107-ben Álmos herceg állandó lázadozásai miatt Könyves Kálmán megszüntette a dukátus intézményét. 1108-ban a lázadó Álmos herceget segítő Szvatopluk cseh herceg serege dúlt Nyitra környékén, de a várat nem tudta elfoglalni. Ekkor Mózes comes volt a várispán. 1109-ben is ő verte vissza Ottó morva herceg csapatait. Ekkor a város elpusztult. Valószínűleg Kálmán király kezdte átépíteni a fa-föld várat kő várrá és ő alapíthatta a püspökséget is. Első ismert püspöke Gervasius volt. 1111-ben egy peres okirat megemlíti Nyitra korábbi ispánjait: Buquen ispán fiait, Deda-t és Cace-t; Una, Bacha.
1154-ben Idrisi arab utazó írta földrajzi művében, hogy Nyitra (N.y.t.r.m) népes, civilizált város, sok földdel. Egy síkságon helyezkedik el, amelyet folyóvizek öntöznek. Virágzó gazdaságain az emberek kitűnően és teljes bőségben élnek. Szőlői és szépen művelt földjei vannak. Ekkor muszlim káliz pénzverők is éltek itt.
A tatárjárás alatt a muhi csatában (1241. április 11.) esett el Jakab nyitrai püspök. A vesztes csata után IV. Bélát Diósgyőrön keresztül Nyitrára kísérték az önfeláldozó kísérői. Itt kiegészítették a király kíséretét a várbéli katonákból és tovább menekítették Nyugat felé. A krónikák és a pápának írt egykorú levél szerint a mongolok sikertelenül ostromolták Nyitrát ("Mi azonban elég sokan és megfelelően felfegyverkezve behúzódtunk Fehérvár, Esztergom, Veszprém, Tihany, Győr, Pannonhalma, Moson, Sopron, Vasvár, Németújvár, Zala, Léka várába és más Dunán inneni várakba és erődített helyekre, a túlsó oldalon pedig Pozsony, Nyitra, Komárom, Fülek, Abaújvár és más várakba és hasonlóképpen megerősített helyekre..."). A nyitraiak hősiességének elismeréséül a király királyi városi jogokat adott 1248-ban: "Nyitra vár polgárai e szerencsétlenség idején megingás nélkül, […] a jeles hűség tüzében dicséretesen kitartva, éber vigyázattal törekedtek Nyitra várát megőrizni, hiszen a tatárok támadása nemcsak rájuk, hanem sokakra másokra is bajt hozhatott volna […] nekik és leszármazottaiknak folytonosan a fehérvári polgárok szabadságát adtuk. A maguk közül időről időre állítandó városbíró tizenkét esküdttel minden vagyoni, polgári és bűnügyben a mondott fehérvári polgárok módjára ítélkezhet […] Továbbá, hogy számuk növekedjék, a várban szabad vásárt adunk nekik, melyet mindig keddi napon tartsanak […] Azonkívül ugyanezen nyitrai vendégeinknek [hospeseknek] királyi földeket adunk, adományozunk".
II. Ottokár cseh király 1271-ben betört az országba és ápr. 10-e körül elfoglalta Dévényt és Stomfát. Ápr. közepén ostrommal vette be Pozsonyt és a várost felgyújtotta. Ezután Szentgyörgyöt, Bazint, Vöröskőt és Nagyszombatot foglalta el, majd rövid ostrommal Nyitrát vette be. A csehek felgyújtották a székesegyházat és káptalant, az összes ott őrzött oklevél elégett.
1273-ban a morva és osztrák hadak vették be Nyitrát. A székesegyházba menekült 50 embert legyilkolták, még a csecsemőket is a kőoszlopokhoz vagdosták. A közeli Gímes (más néven Divénykő) várát viszont Ivánka fia András és fiai sikerrel védték meg.
1288-ban IV. László a várost mindenestől a nyitrai püspöknek adományozta.
Az Árpádok kihalása után a trónért folytatott küzdelem során Gentile bíboros 1311-ben kiközösítette Csák Mátét, aki bosszúból alvezérét, Kacsics nembéli Mihály fia Simont küldte Nyitra elfoglalására és a nyitrai püspök kifosztására (1317). A fosztogatók felégették a Szt. Emmerám templomot is. Csák Máté János püspök minden jövedelmét lefoglalta. A püspök 1318-as oklevele szerint a várat Csák Máté alapjáig leromboltatta, amit Máté parancsából Bugar fia Márton magister, Detricus Gymes-i várnagy, Lean (dict.) Tamás comes, Móric bán fia Mihály végeztek el. Pál Chekee-i comes, [Máté] utasítására körül sáncoltatott egy tornyot Nyitra püspöki városban a kapu körül, s e várból 200 márka kárt okozott, és megölt 5 embert a püspök nyitrai jobbágyai közül. Nyitra a trencséni nagyúr 1321-ben bekövetkezett haláláig annak uralma alatt állt.
1347-ben Vásári Miklós nyitrai püspök is részt vett I. Lajos nápolyi hadjáratában.
I. Lajos halála után a Luxemburgi Zsigmond a koronáért való küzdelme során unokatestvérei, Jodok és Prokop őrgrófok fegyveres támogatásával elfoglalta Nyitrát. Később a vármegye élére hívét, a lengyel származású Stibor vajdát nevezte ki.
1431 szeptember végén a husziták Kolowrat és Prokop vezetésével ismét betörtek Magyarországra, és szept. 27-én elfoglalták a likavai várat. Október második felében már Nyitra alatt álltak, a várost felgyújtották és kirabolták. Ezután Nagyszombat és Léva vidékén fosztogattak.
Albert király váratlan halála után 1440-ben az I. Ulászló pártiak és az özvegy Erzsébet királyné pártján állók között kitört a polgárháború. Erzsébet a cseh Giskrát hívta be az országba segítségül, aki a Felvidék nagy részét megszállta. Nyitra is megnyitotta kapuit előtte, mert a püspök, Csetneki László a belháborúban Erzsébet királynét támogatta. Amikor az Erzsébet pártiak Pozsony városát elfoglalták és a várát ostromolták, I. Ulászló fel akarta menteni a szorongatott Rozgonyi Istvánt, de Giskra parancsára a nyitrai kapitánya a királyi hadat hátba támadva azt visszavonulásra kényszerítette Nagyszombatra. Nyitrát csak Hunyadi Mátyásnak sikerült visszafoglalnia 1465-ben.
1471-ben a Mátyás ellen lázadó főurak Vitéz János esztergomi érsekkel az élükön Kázmér lengyel hercegnek ígérték a magyar koronát. Kázmér 12000 emberrel tört be az országba, Nyitra alá vonult, ahol a püspök megnyitotta a kapukat előtte. Mátyás közeledtének hírére a lázadó főurak elhagyták Kázmért, akinek a német zsoldosai is elvonultak. Mátyás körülzáratta Nyitrát, majd Esztergomban Vitéz Jánost hódoltatta meg. Ennek hírére Kázmér visszatért Lengyelországba, néhány hét múlva pedig Nyitra is megadta magát.
A vesztes mohácsi csata után Podmaniczky István nyitrai püspök koronázta királlyá Szapolyai Jánost, majd 1527 novemberében Habsburg Ferdinándot. A két király párthívei közti háborúban Török Bálint az érdekeinek megfelelően váltogatta pártállását. 1530 nov. 16-án Roggendorf, I. Ferdinánd hadvezére a budai ostromtáborban Nyitra várát királya nevében Török Bálintnak adományozta a királyi megerősítés megérkeztéig. A főúr az év végén a családjával Nyitrára költözött. 1533-ban a magyar főpapok nyomására I. Ferdinánd Török Bálintnak Nyitráért cserébe Pápát és Dobronyát ajánlotta fel. A csere végül 1535-ben került végrehajtásra, I. Ferdinánd pápai engedéllyel Thurzó Ferencet nyitrai püspöknek nevezte ki.
Oláh Miklós esztergomi érsek 1536-ban Hungária c. munkájában pár sorban ismertette Nyitrát: "...átkelve a Vág folyón, Nyitra püspöki székhely következik, mely a Nyitra folyó partján terül el. Vára természetes és mesterséges védettségű..." 1537 novemberében Nyitrán tartották a részleges gyűlést Bars, Esztergom, Hont, Komárom, Mosony, Nyitra, Pozsony és Trencsén vármegyék rendjei.
1541-ben Buda elfoglalása után Szulejmán szultán a tatár segédcsapatokat elküldte Székesfehérvár, Esztergom és Nyitra környékére pusztítani. A török veszély miatt a 1547-ik évi 19. tc. elrendelte, hogy Bátory András főkapitány Nyitrán, Szempczen, vagy Eger várában lakjék. 1566-ban Szigetvár ostroma alatt Nyitránál mintegy 10000 fős nemesi felkelő had táborozott Dersffy István vezetése alatt.
1575-ben a várőrség gondatlansága miatt tűz ütött ki Szentmárton (Pannonhalma) megerősített kolostorában. A helyreállítás költségeit fedezendő a templom értékei Nyitrára kerültek.
1582 és 1588 között a nyitrai várat korszerűsítették ó-olasz bástyákkal. Ekkor Mossóczy Zakariás volt a nyitrai püspök.
1605-ben gimesi Forgách Ferenc püspök védte Nyitrát Bocskai hajdúi ellenében. Április végén a hajdúk először rajtaütéssel próbálták meg bevenni a fontos várat, de ez csak fél sikert hozott: az alsó-, majd a felsővárost sikerült csak megszállni, a vár német őrsége és a püspök ellenállt. Rhédey a had jórészével tovább nyomult nyugat felé, a várat egy kisebb hajdúcsapat próbálta meg kiéheztetni, majd ostromágyúk hiányában ostromtornyokat építve próbálták meg bevenni a várat - sikertelenül. Végül Rhédey jún. 13-án Pozsony alól megérkezett nagyobb erőkkel és tüzérséggel. A védők jún. 18-án megadták magukat és szabadon elvonultak. Az ostrom során kitüntette magát Kicsindy Pál hajdúkapitány. Nyitra elfoglalása után Rhédey serege Érsekújvár ellen vonult.
1619-ben Bethlen Gábor első hadjárata alatt Nyitra megmaradt a király hűségén. 1620-ban Bethlen szeptember 9-én meghódolásra kényszerítette Nyitrát, melynek őrsége, Telegdy János püspökkel együtt szabadon elvonulhatott. A fejedelem védőőrséggel látta el Nagyszombatot és Pozsonyt, majd szeptember 28-án a Dunán Pozsonynál átkelvén, ostrom alá fogta Hainburgot. 1621-ben Buquoy ellentámadása elől Bethlen visszavonult Kassára, de előtte megerősítette a várakat, köztük Nyitrát is, ahol 300 fős őrséget hagyott. Buquoy rövid ostrommal bevette Pozsonyt, majd Szentgyörgy, Bazin és Modor és Sempte következett. Nyitrán az őrség fellázadt és átadták a várat harc nélkül. Bethlen május 27-én Thurzó Imrének ezt írta: "Nyitrán Litassi igen meggyalázta magát, mert ellenséget sem látott, hanem csak egy izenetire Forgácsnak feladta az várat." 1626-ban az ismét kitört háborúban a híres császári hadvezér, Wallenstein táborozott seregével néhány napig Nyitrán.
A harmincéves háború vége felé 1644. ápr. 10-én Rákóczi Zsigmond a meghódolt Nyitráról írt levelet apjának I. Rákóczi György erdélyi fejedelemnek. Ebben jelenti, hogy Bornemissza Pál a bányavárosokat már meghódoltatta és Füleken kívül a környező végvárak is meghódoltak.
1663-ban Érsekújvár ostroma alatt Küprili Ahmed nagyvezér Husszein pasát küldte Nyitra elfoglalására. Rasdi effendi török történetíró Nyitra megszállásáról: "midőn a vár alatt ostromlási szándékkal tábort ütött [Husszein pasa], egy embert küldött a vár kapitányához, a ki tudván azt, hogy az ellenállásra teljesen képtelenek, maga kijött és miután vele kissé beszélgetett, sietett a várat feladni s ezért kegyelmet kaptak. Ily módon a vár ágyúlövés és kardcsapás nélkül birtokukba jutott. Eme győzelmi tudósítás az iszlám sereget nagyon megörvendeztette."
1664-ben Nyitra 40 löveggel volt felszerelve, török őrsége pedig körülbelül 1000 főből állott. Április 17-én Jean-Louis Raduit de Souches gróf tábornagy a várat szorosan körülzárta. A kis űrméretű ágyúi viszont hatástalanok voltak az erős fala ellen, ezért Bécsbe és Pozsonyba üzent faltörő ágyúkért. Addig is a régi templom mellett felállított 2 mozsárból megkezdték a vár bombázását és a közelítő árkok ásását. A törökök a felsővárost felgyújtva a várba vonultak vissza. Ápr. 23-án egy török kitörés következtében 15 muskétás esett el. A magyar huszárok viszont egy 300 fős török lovascsapatot vertek szét Nyitrától nem messze. Ápr. 27-én végre megérkeztek a nehéz lövegek is: 2 Bécsből, 2 Pálffy vöröskői várából, 2 Morvaországból és 2 a bányavárosokból; megérkezett továbbá 500 főnyi gyalogság a Porcia gyalog ezredtől. Máj. 2-án a faltörők megkezdték a réslövést a vár falain és 3-án már rohamozható rés volt a falon. A törökök a roham előkészületeit látva kitűzték a fehér zászlót. A török őrség fegyvereit megtartva a Caprara gyalogezred által kísérve Komjátra vonult el. A várat Spankau ezredes 700 főnyi gyalogsága szállta meg. Souches tábornagy kijavíttatta a réseket a falakon, és megindult Léva visszafoglalására. A háborút lezáró vasvári békében kikötötték, hogy a törökök nem követelik vissza Nyitrát.
Evlia Cselebi török utazó 1664-ben írt a várról: "...Nyitra várához érkeztünk. Ez a mienk volt, de azután az ellenség kezébe került. Az ellenség ezt igen megerősítette, bástyákat állított körülötte s Kahkaha formájú erődítmény lett belőle. A főpapok birtoka ez erős vár, melybe tizenkétezer főnyi sereget és végtelen sok hadi felszerelést helyeztek el."
1670-ben Nyitra magyar őrsége 400 huszár, 200 hajdú és 4 fő egyeb volt. Ez 1674-re 150 huszára és 80 hajdúra csökkent. 1673-ra készült el a mostani várkapu a latin felirat alapján (galéria). Pálffy Tamás érsek volt az építtető, az ő címere van a kapun.
A Rákóczi-szabadságharc elején 1704-ben Bercsényi Nyitrát vette ostrom alá, és azt heves bombázással augusztus 25-én megadásra kényszerítette. 1706-ban Rákóczi Ferenc egy rövid ideig itt tartózkodott a béketárgyalások alatt feleségével, majd a kényelmesebb kistapolcsányi Rákóczi várkastélyba költöztek át.
1707-ben Starhemberg sorra foglalta el a Kis-Kárpátok várait és a bányavárosok felé akart tovább támadni, de Nyitra az útjában volt. Augusztus második felében megkezdte a vár ostromát, de a dunántúli helyzet miatt hamarosan Pálffy segítségére kellett vonulnia.
1707 végén II. Rákóczi Ferenc Bottyán Jánost nevezte ki a Vág-menti kuruc seregek élére. Bottyán főhadiszállását 1708 februárjában Nyitrán rendezte be. Bornemissza János innen indult arra portyára, amelyben elfogta Starhemberg Maximillian altábornagyot a hadikasszával együtt. Esze Tamás itt vesztette életét 1708 máj. 27-én, amikor a talpasai összeverekedtek Czelder Orbán embereivel.
Heister a trencséni csata (1708. augusztus 3.) után Pálffy tábornagyot 3000 lovassal és 22 mozsárral Nyitra ostromára rendelte. Pálffy aug. 22-én kezdte meg a vár ostromát, amit Révai Gáspár 400 hajdúval, 30 ágyúval védett. Bár volt elég élelem is a várban, a kurucok két nap múlva mégis feladták azt. Négy nappal később Ocskay László - akit Bottyán Nyitra felmentésére rendelt - átállt a császáriakhoz.
1710 elején már csak az Esterházy Antal által védett Érsekújvár volt kuruc kézen Nyitra vármegyében. A császáriak blokád alatt tartották és csak nagy nehézségek által tudták a kurucok biztosítani az utánpótlást. Febr. 8-án egy nagyobb sereg indult Érsekújvárból Tavarnok felé, ahol a császáriaknak utánpótlás raktára volt. Ezt Nyitra német parancsnoka, Franz Dillherr-Althan észlelve febr. 10-én hajnalban 500 lovassal Üzbégnél szétvet egy kuruc csapatot, majd visszavonult Nyitrára. Az üldöző kurucokat heves tüzeléssel űzték el a falak alól. Heister febr. 11-én csapatokat küldött Nyitra megerősítésére.
A Rákóczi-szabadságharc után a hadi jelentőségét elvesztett Nyitráról kivonult a császári őrség és csak a püspökség maradt a falai között. A vár falai és bástyái teljes épségben láthatók ma is.
Források: Szőke Béla Miklós: A Karoling-kor a Kárpát-medencében (MNM, 2014); Elter István: Magyarország Idrisi földrajzi művében (1154); Horváth Rónai Jenő: A Felső-magyarországi hadjárat 1664-ben (Hadtört. Közl. 1894); A végek magyar őrhada 1670 után (Hadtört. Közl. 1895); Karácson Imre: Az 1663. évi török hadjárat. Rasdi effendi török történetíró szerint (Hadtört. Közl. 1896); Anonymus: Gesta Hungarorum (ford. Pais Dezső); MAGYAROK LEVELE A PÁPÁNAK / 1242. FEBRUÁR 2.; Nagy László: A Bocskai szabadságharc 1605. évi hadjárata; Evlia Cselebi Magyarországi utazásai 1664-1666; A két Rákóczy György fejedelem családi levelezése. 1632 — 1660.; Bagi Zoltán Péter: Nyitra és Léva visszafoglalása 1664-ben (VKT évkönyv, 2016); Bóna István: Az Árpádok korai várai (1998); Kristó Gyula: Anjou–kori Oklevéltár. V. 1318-1320. (Budapest–Szeged, 1998.);
A várhegy mögött, a stadion előtt van ingyenes parkoló (2022). Onnan 10 perc séta a vár. Belépődíjas.
Szélesség: N - 48°19'05.6"
Hosszúság: E - 18°05'15.0"